سازماندهی در ساختار نیروهای مسلح، نقشی راهبردی در کارآمدی، انسجام و اقتدار دفاعی ایفا می‌کند. پژوهش حاضر با هدف واکاوی مبانی و اصول سازماندهی در اندیشه‌های قرآنی امام خامنه‌ای(ره) و تبیین پیوند آن با آموزه‌های وحیانی در حوزه نیروهای مسلح انجام شده است. مسئله اصلی، فهم این نکته است که الگوی مطلوب سازماندهی از منظر ایشان چه مبانی، اصول و پشتوانه‌های قرآنی دارد. این پژوهش با رویکرد کیفی و به روش تحلیل محتوای جهت‌دار انجام شده است. جامعه پژوهش شامل آیات مرتبط با سازماندهی در قرآن کریم و مجموعه بیانات و تدابیر فرماندهی معظم کل قوا (قُدًس سرًه) است. داده‌ها با استفاده از روش استنطاقی (ارائه نظام‌مند مضامین به قرآن و پرسش‌گری از آیات) مورد تحلیل قرار گرفته و مبانی و اصول مستخرج، در قالب جداول مفهومی تدوین شده است. یافته‌ها نشان می‌دهد هشت مبنای قرآنی شامل غایت‌گرایی توحیدی، اهلیت‌محوری، اتقان، ولایت‌محوری، مسئولیت‌پذیری مبتنی بر اختیار، سلسله‌مراتب مبتنی بر ولایت، تخصیص حکیمانه منابع و تاب‌آوری حکیمانه، پایه‌های این الگو را تشکیل می‌دهند. در سطح اصول نیز هفت اصل راهبردی احصاء شده است: معنویت و بصیرت سازمانی، پایداری امنیت درونی، نوآوری مستمر، اشراف فرماندهی، مشارکت مردمی در ساختار دفاع، سازماندهی متناسب با نبرد نامتقارن و شبکه‌سازی راهبردی دفاعی. بنابراین سازماندهی در منظومه فکری امام خامنه‌ای(ره) نه یک ابزار صرفاً اداری، بلکه یک راهبرد الهی-عقلانی برای تحقق حکمرانی دینی، امنیت پایدار و تمدن‌سازی نوین اسلامی است. الگوی ارائه‌شده، ظرفیت بالایی برای بازطراحی ساختارهای موجود در نیروهای مسلح بر پایه ارزش‌های اسلامی و در عین حال، پاسخگو به اقتضائات پیچیده و نامتقارن دفاعی معاصر دارد.