سازماندهی به عنوان یکی از ارکان اصلی مدیریت، به ویژه در سازمان‌های پیچیده مانند نیروهای مسلح، نقش کلیدی ایفا می‌کند. هدف پژوهش حاضر، شناسایی و تحلیل شاخص‌های سازماندهی مطلوب در نیروهای مسلح بر اساس اندیشه‌های قرآنی امام خامنه‌ای است. در این پژوهش، از روش توصیفی-تحلیلی و با بهره‌گیری از گزاره‌های کلام وحی، تفاسیر، و بیانات رهبری، به تحلیل و بررسی موضوع پرداخته شده است. یافته‌های این پژوهش نشان می‌دهد که سازماندهی مطلوب در نیروهای مسلح در اندیشه‌های قرآنی امام خامنه‌ای بر شاخص‌هایی همچون توحید، معنویت، تخصص، رهبری، اطاعت‌پذیری، عدالت، مشورت، مسئولیت‌پذیری، انضباط معنوی و همدلی استوار است. امام خامنه‌ای با تأکید بر اهمیت معنویت در نیروهای مسلح، بر ضرورت ایجاد سازمانی متکی بر ارزش‌های اسلامی و توانمند در دفاع از انقلاب و نظام تأکید دارند. افزون بر آن، ایشان بر لزوم تلفیق دانش و معنویت، نوآوری و انقلابی بودن در سازماندهی نیروهای مسلح تأکید فراوان نموده‌اند. دفاع مقدس نیز به عنوان یک الگوی موفق در سازماندهی و مدیریت نیروهای مسلح، الگوی مناسبی برای تحقق شاخص‌های مذکور است که امام خامنه‌ای بارها به آن اشاره نموده‌اند. نتایج و ره‌آوردها نشان می‌دهد که تحقق شاخص‌های سازماندهی مطلوب مبتنی بر آموزه‌های قرآنی، علاوه بر ارتقای کارایی و اثربخشی نیروهای مسلح، منجر به ایجاد سازمانی قوی، انعطاف‌پذیر و متکی بر ارزش‌های اسلامی خواهد شد. نوآوری این پژوهش در تلفیق اندیشه‌های قرآنی امام خامنه‌ای با مفاهیم مدرن دانش سازمان و مدیریت و ارائه یک مدل جامع برای سازماندهی مطلوب در نیروهای مسلح است.